Конкретика пошла. Уже лучше

По вопросам:
1) Регистрация (e-shop'а) не нужна. Другое дело, если вы выставляетесь в сети, то хотите себя раскрутить. А для этого полезно (более-менее

) зарегистрироваться во всех туземных ассоциациях, близких по тематике к вашей и имеющих свои сайты.
Целенаправленная профессиональная раскрутка сайта - отдельная тема. По Финляндии - от 2000е.
2) Бух.учету все равно - какой способ продажи. Лишь бы бумажки были. Другое дело если вы хотите напрямую (без бумаг) завязать свой e-shop с бухгалтерским (и складским?) учетом. Но, как я понимаю, это не ваша нынешняя забота.
3) Риски...
- По германским данным потеря информационной составляющей для малого бизнеса приводит к банкротству через три месяца, для среднего - через шесть.
- одна из основных проблем: изменение номенклатуры/цены товаров
- вторая: недостоверные данные (по клиенту/товару/платежу)
- третья: контроль исполнения заказа
- четвертая: переоценка. Во всех вариантах: по складу, по доставке, при списании, скидки, пакетная покупка, пр.
Вообщем, как обычно: 10% времени занимают нормальные операции, которые дают 90% оборота. Но 90% времени (в этой части) вы будете тратить на всевозможные исключения.